Специалисты из Комплексного онкологического центра VCU Massey (США) разработали алгоритм, который позволяет в считаные минуты определить типы клеток в организме и подобрать наиболее подходящее лечение при онкологических заболеваниях. Результаты опубликованы в научном журнале Nature Communications, пишет Газета.Ru.
Новая система получила название TACIT (Threshold-based Assignment of Cell Types from Multiplexed Imaging Data). Она анализирует активность онкомаркеров в клетках и позволяет проводить их точную идентификацию не за недели, как это бывает при традиционных подходах, а за минуты.
В основе алгоритма — база данных, охватывающая более 5 миллионов клеток из различных систем организма: мозга, кишечника и слюнных желез. TACIT демонстрирует высокую точность и масштабируемость, превосходя другие методы, особенно те, что не требуют предварительной разметки данных («без учителя»). В отличие от прежних инструментов, работающих с ограниченным числом маркеров, алгоритм способен отличать даже схожие типы клеток и выявлять новые клеточные состояния и взаимодействия.
Система также показала высокую степень согласованности между результатами разных видов тестирования — генетических и белковых. Это повышает достоверность её выводов и позволяет использовать TACIT в клинической практике. В перспективе разработка может помочь врачам более точно диагностировать рак, отказаться от неэффективной терапии и быстрее находить подходящие варианты лечения и клинических испытаний для пациентов.
По словам Джинза Лю, ведущего автора исследования, научного сотрудника Massey и профессора биостатистики Школы общественного здравоохранения VCU, одна из ключевых задач проекта — «поиск надежных пространственных биомаркеров, которые можно использовать для прогноза реакции на терапию еще до начала лечения».